จากประวัติและพระราชพงศาวดารดังกล่าวมาแสดงให้เห็นว่า พระพุทธฉายได้เจริญมาสมัยหนึ่งแล้ว ปรากฎจากหลักฐานและวัตถุโบราณนานับประการ ที่ยังปรากฎเป็นหลักฐานจนถึงปัจจุบันนี้ เช่นมณฑปที่ประดิษฐานพระพุทธบาทจำลองบนยอดเขาลม วัดพระพุทธฉาย เป็นต้น แต่เนื่องจากภัยทางสงคราม บ้านเมืองไม่สงบสุข มีการรบทัพจับศึก เกิดการระส่ำระสายเปลี่ยนแปลงแผ่นดินบ้านเมืองเดือดร้อน ดังปรากฎในประวัติศาสตร์ครั้งเสียกรุงศรีอยุธยาจนกว่าจะตั้งกรุงธนบุรี และกรุงเทพฯ ขึ้นเป็นเมืองหลวง พระพุทธฉายก็ได้ถูกทอดทิ้งมาเป็นเวลาช้านานจนชำรุดทรุดโทรมลง มณฑปเดิมซึ่งสร้างไว้ในสมัยกรุงศรีอยุธยา และศาสนสถานถาวรวัตถุต่างๆ ได้ขาดการดูแลเอาใจใส่และภัยธรรมชาติได้ทำลายเสียหายเป็นอย่างมาก3
กาลเวลาได้ผ่านมาจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการบูรณะฟื้นฟูพระพุทธฉายอีกครั้งหนึ่ง
พระพุทธฉายได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์มาในระยะหนึ่ง กาลเวลาล่วงเลยมาจนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระปิยมหาราช และสมเด็จพระพันวษาอัยยิกาเจ้า ได้เสด็จมาฟื้นฟูบูรณะพระพุทธฉายทรงสร้างมณฑปขึ้นใหม่เป็นมณฑปสองยอดแทนมณฑปเดิม และทรงบูรณะปฏิสังขรณ์ถาวรวัตถุอื่นๆ มีเสนาสนะสงฆ์ เช่น ศาลา พระอุโบสถบนยอดเขาพระพุทธฉาย ปฏิสังขรณ์มณฑปครอบรอยพระบาทจำลองยอดเดี่ยว
บนยอดภูเขาด้านตะวันออกพระอุโบสถบริเวณลานพระโมคคัลลานะ วัดพระพุทธฉาย ซึ่งยังเหลือเป็นอนุสรณ์อยู่ตราบเท่าทุกวันนี้ นอกจากนั้นพระองค์พร้อมด้วยพระราชวงศ์และข้าราชบริพาร ยังได้เสด็จไปนมัสการพระพุทธฉายอีกหลายครั้ง ดังปรากฎในประวัติศาสตร์การประพาสต้นและจดหมายเหตุ การบำเพ็ญพระราชกุศลนับเนื่องเกี่ยวกับพระพุทธฉาย เกี่ยวกับพระอุปัชฌาย์รัน และพระอธิการรูปอื่นๆ อีกมาก ได้ทรงลงพระปรมาภิไธยย่อ จปร. ติดอยู่ ณ เงื้อมผาด้านทิศตะวันตกของพระมณฑปพระพุทธฉาย พร้อมด้วยนามาภิไธยพระบรมวงศานุวงศ์ ซึ่งปรากฎชัดจนถึงปัจจุบันนี้ ในรัชกาลต่อๆ มาก็ได้มีพระบรมวงศานุวงศ์ ได้เสด็จมาพระพุทธฉายเป็นประจำ จนถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวองค์ปัจจุบัน พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ และพระเจ้าลูกเธอฯ ได้เสด็จมาทรงทอดผ้าพระกฐิน เมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน 2516